Bagelen memiliki sejarah panjang dimulai dari zaman Mataram Kuno, yang akhirnya menunurkan asal muasal sejarah Bagelen. Di Era jaman Mataram Medang Kamolan Purwacarita peninggalannya masih ada dan yang paling hebat tiada tara ialah Watu Ing Ngukir dan Candi Borobudur serta Prambanan/

Keturunan langsung Sang Kandhiawan yaitu Wreti Kandihawan menurunkan salah satu putra yang bernama Srie Panuyuwun yaitu putra sulung yang diangkat dan diberi kuasa memegang Pemerintahan Kerajaan Medang Kamolan, dan berkedudukan (Pilenggah ing Medang Bale(Pagelen/Bagelen) yang merupakan daerah pertanian tanah basah, daerahnya saat itu terkenal daerah yang sangat subur dan makmur. Pada jaman Srie Panuwun-Raja Penguasa Daerah Bagelen di Bagelen didirikan stupa yang sejaman dengan bangunan Candi Borobudur dan Mendut. Di pelosok-pelosok desa mulai dari pesisir sampai ke pegunungan didirikan Yoni lingga, juga area-area bagi umat beragama Syiwa. Putra-putra Srie Panuwun kebanyakan wanita dan yang paling bungsu bernama Jaka Panuwun. Jaka Panuwun mengganti Srie Panuwun Pemerintah Bagelen.

Pada waktu itu walaupun sudah ada Desa Bagelen, namun belum ada pemerintahan atau pimpinan pemerintahan. Sistem pemerintahan adalah musyarakah dan keamaan yang dijaga bersama-sama, serta mencari nafkah secara gotong royong. Baru mulai tahun 1889 sistem pemerintahan tertata sampai sekarang sebagai berikut :

1. Wiryo Samodero (1889-1918)
2. Tjokro Husodo (1918-1945)
3. Sonto Sentono/Nilo Dipuro (1945-1965)
4. Utoro (1965-1966)
5. Amat Darmo Suharto (1966-1968)
6. Tumarno (1968-1969)
7. Chartacher (Slamet) (1969-1971)
8. Kasan Darmo (1972-1975)
9. Legiman (1975-1983)
10. Prawiro Husodho (1983-1991)
11. Sukiswanto (1991-2007)
12. Tri Maryani (2007-2013)
13. Sarimin (2013-2019)
14. Sarimin (Periode 2) (2019-sekarang)